EXOM és GENOM

KEZDŐLAP / ÖRÖKLETES BETEGSÉGEK / EXOM ÉS GENOM SZEKVENÁLÁS

EXOM ÉS GENOM SZEKVENÁLÁS

Az újgenerációs szekvenálási (NGS) technológiák forradalmasították a klinikai genetikát, illetve a különböző egészségügyi problémákban érintett betegek molekuláris diagnózisának a meghatározását. Az NGS-hez kapcsolódóan két fő technológia emelkedik ki, a teljes exom (WES) és a teljes genom szekvenálás (WGS). A WES során a genom egy kis részét, a teljes fehérje kódoló régiót szekvenáljuk és elemezzük, míg a WGS esetében a vizsgálat kiterjed a teljes humán genomra, beleértve a nem kódoló régiókat (intronok) is. A teljes szekvenálás (WES, WGS) egyre több esetben klinikailag alkalmazható, mint első szintű vizsgálat, vagy negatív, illetve nem egyértelmű eredmény adó tesztet követően. Továbbá nagyobb mennyiségű adatot és eredményt tud nyújtani a hagyományos szekvenálási technológiákhoz képest.

Számos örökletes betegség kialakulásában fontos szerepet játszanak az egy nukleotid változását okozó variánsok (SNV), mikrodeléciók, és -duplikációk, illetve nagyobb exonikus vagy genomikus régiókat érintő kópiaszám eltérések (CNV). Ezen rendellenességek, genetikai hibák vagy strukturális átrendeződések kimutatására a panel vizsgálatok mellett, a komplexebb elemzést biztosító teljes exom (WES) és a teljes genom szekvenálás (WGS) jelenthet megoldást. A teljes szekvenálás a nem egyértelmű klinikai tünetekkel rendelkező betegek esetében olyan diagnózist adhat, amely megalapozhatja a kezelést és/vagy megváltoztathatja az orvosi terápiás ajánlásokat. Ezen felül informatív lehet, olyan egyéneknél, akiknél felmerül a gyanú , hogy a klinikai jellemzőik mögött genetikai ok állhat, de a korábbi genetikai tesztek, mint például a kromoszómális mikroarray vagy a biokémiai vizsgálatok nem hoztak pozitív találati eredményt.

Teljes szekvenálás alapú genetikai vizsgálat elvégzésével lehetőség nyílik:

Újszülött diagnosztika
Ritka betegség gyanújának ellenőrzése csecsemő, gyermek és felnőttkorban
Ritka betegségek diagnózisának meghatározása, eddig még nem azonosított gén/gének alapján.
Szemelyre szabott terápia
Családtervezés

Átfutási idő: Mintaérkezéstől számított 1-3 héten belül.  

Minta követelmények:

Legalább 1500 ng izolált DNS minta (legalább 30 ng/ul minimum 50 ul térfogatban)

VAGY

Legalább 1 ml teljes vér EDTA-s csőben

Mintavételi dobozt igény esetén biztosítunk, amely tartalmazza a mintavételhez szükséges eszközöket és a mintaküldéssel kapcsolatos információkat. További kérdések esetén forduljon hozzánk bizalommal.

MySample:
Egyszerű rendelési és mintafigyelő
platform a klinikusok számára

Rendelj itt

Laboratóriumi munkafolyamatok

A beérkező mintákból a nukleinsav kivonása, a nukleinsav koncentrációjának és töredezettségének ellenőrzése.
A nukleinsav minták előkészítése a szekvenálási folyamatokhoz (a megfelelő fragmentálási, adapterligálási, amplifikálási és dúsítási lépések végrehajtása „könyvtárkészítés” során).
Az előkészített nukleinsav könyvtárak minőségének ellenőrzése, az átlagos fragmenthossz meghatározása.
A könyvtárak szekvenálása az adott applikációnak megfelelő újgenerációs szekvenálási platformon (pl. Illumina NovaSeq készüléken 2x150 leolvasással, legalább 20x lefedettséget elérve a vizsgált régió 99%-ában).

Bioinformatikai munkafolyamatok

A nyers szekvenciaadatok minőségi ellenőrzése, szűrése és térképezése a referencia humán genomra.
Bioinformatikai módszerekkel egyedi nukleotid variánsok (SNV), rövid inszerciók és deléciók (indel) és kópiaszám eltérések (CNV) azonosítása.
Az azonosított variánsok funkcionális klasszifikációja és adatbázis alapú annotációja (gnomAD, Clin- Var, HGMD, dbSNP stb).

Klinikai interpretáció

A variánsok osztályozása az ACGS 2020 irányelvek alapján.
A variánsok értékelése releváns evidencia kritériumok alapján, figyelembe véve az eltérés súlyossági fokát: patogén, valószínűleg patogén, bizonytalan szignifikanciájú (VUS), valószínűleg benignus vagy benignus.
Átfogó klinikai eredményközlő készítése, mely egészségügyi szakemberek számára könnyen érthető formában prezentálja az azonosított variánsok klinikai szignifikanciáját.
Az eredményközlő tartalmazza a variáns legfontosabb paramétereit: gén, zigótaság, HGVS leírás, genomi koordináta, allél frekvencia, variáns osztályozás, valamint egy részletes leírást a variáns patogenitását támogató evidencia kritériumokról (a variáns kapcsolata a betegség fenotípusával, a variáns előfordulása és funkciója a szakirodalomban és a tudományos publikációkban, populációs adatbázisokban való előfordulási gyakorisága, fehérjetermékre gyakorolt hatása, stb).
A variánsok klinikai interpretációja és az ebből készült eredményközlő egy magasan képzett multidiszciplináris csapat összehangolt munkájának az eredménye.