Teljes Genom szekvenálás

KEZDŐLAP / ÖRÖKLETES BETEGSÉGEK / EXOM ÉS GENOM SZEKVENÁLÁS / Teljes Genom szekvenálás

Teljes Genom szekvenálás

A teljes humán genom, beleértve az intronikus és intergenikus régiókat.

A teljes genom szekvenálás (WGS) átfogó és komprehenzív technológia, mivel a kódoló régiók mellett, az elemzés kiterjed a nem kódoló (intronikus) génszakaszokra is. A WGS vizsgálata során a genom egyes részeinek és ebből eredően egyes génjeinek a lefedettsége nem olyan nagy mértékű, mint más technológiák esetében, azonban akár olyan betegséget okozó patogén variánsok azonosítása is lehetséges, amelyeket más módszerekkel nem vagy nem elég megbízhatóan lehet detektálni. Továbbá, a kópiaszám eltérések (CNV) elemzése előnyösebb ezzel a módszerrel. A WGS során azonosított variánsok száma rendkívül nagyszámú, illetve jelenleg még nem áll rendelkezésre nagy szaktudományi háttér, ami megnehezíti a variánsok interpretációját, azonban egy rendkívül gyorsan és dinamikus fejlődő tudományág, melynek klinikai használhatósága folyamatosan növekszik.

Laboratóriumi munkafolyamatok

A beérkező mintákból a nukleinsav kivonása, a nukleinsav koncentrációjának és töredezettségének ellenőrzése.
A nukleinsav minták előkészítése a szekvenálási folyamatokhoz (a megfelelő fragmentálási, adapterligálási, amplifikálási és dúsítási lépések végrehajtása „könyvtárkészítés” során).
Az előkészített nukleinsav könyvtárak minőségének ellenőrzése, az átlagos fragmenthossz meghatározása.
A könyvtárak szekvenálása az adott applikációnak megfelelő újgenerációs szekvenálási platformon (pl. Illumina NovaSeq készüléken 2x150 leolvasással, legalább 20x lefedettséget elérve a vizsgált régió 99%-ában).

Bioinformatikai munkafolyamatok

A nyers szekvenciaadatok minőségi ellenőrzése, szűrése és térképezése a referencia humán genomra.
Bioinformatikai módszerekkel egyedi nukleotid variánsok (SNV), rövid inszerciók és deléciók (indel) és kópiaszám eltérések (CNV) azonosítása.
Az azonosított variánsok funkcionális klasszifikációja és adatbázis alapú annotációja (gnomAD, Clin- Var, HGMD, dbSNP stb).

Klinikai interpretáció

A variánsok osztályozása az ACGS 2020 irányelvek alapján.
A variánsok értékelése releváns evidencia kritériumok alapján, figyelembe véve az eltérés súlyossági fokát: patogén, valószínűleg patogén, bizonytalan szignifikanciájú (VUS), valószínűleg benignus vagy benignus.
Átfogó klinikai eredményközlő készítése, mely egészségügyi szakemberek számára könnyen érthető formában prezentálja az azonosított variánsok klinikai szignifikanciáját.
Az eredményközlő tartalmazza a variáns legfontosabb paramétereit: gén, zigótaság, HGVS leírás, genomi koordináta, allél frekvencia, variáns osztályozás, valamint egy részletes leírást a variáns patogenitását támogató evidencia kritériumokról (a variáns kapcsolata a betegség fenotípusával, a variáns előfordulása és funkciója a szakirodalomban és a tudományos publikációkban, populációs adatbázisokban való előfordulási gyakorisága, fehérjetermékre gyakorolt hatása, stb).
A variánsok klinikai interpretációja és az ebből készült eredményközlő egy magasan képzett multidiszciplináris csapat összehangolt munkájának az eredménye.